Bonne question, et c'est un débat qui anime la communauté des fans de Alien depuis la sortie de Covenant. Il y a plusieurs façons d'interpréter cette apparente contradiction, mais aucune ne fait totalement l'unanimité. Voici les principales explications possibles :

1. Une incohérence majeure de la timeline
Si on prend Covenant au pied de la lettre, David aurait créé le Xénomorphe à partir du Pathogène noir des Ingénieurs, en expérimentant sur Elizabeth Shaw et d'autres formes de vie. Cela pose problème, car dans Alien (1979), le vaisseau du Space Jockey (Ingénieur mort fossilisé) est là depuis des millénaires, transportant des œufs similaires à ceux que David aurait créés à peine 18 ans avant.

Si Covenant impose que David soit à l'origine de tout le cycle des Xénomorphes, alors Prometheus et Alien ne peuvent pas être réconciliés sans un énorme problème de continuité. Ce serait une incohérence scénaristique flagrante.

2. David n'a pas créé les Xénomorphes, mais en a recréé une version
Une autre possibilité est que David n'a fait que redécouvrir une forme préexistante de la créature et l'a perfectionnée. Le Pathogène noir (Prometheus) est une arme biologique des Ingénieurs, qui mutait et transformait des organismes vivants en monstres. Il est donc possible que les Xénomorphes aient déjà existé sous une forme plus primitive et que David ait seulement affiné ou stabilisé leur génétique.

Dans cette lecture, les œufs du vaisseau d'Alien (1979) seraient des vestiges d'une ancienne guerre biologique des Ingénieurs. Le vaisseau aurait été infecté il y a des milliers d'années, et son pilote (le Space Jockey) aurait tenté de le contenir avant de s'écraser sur LV-426.

Dans ce cas, le rôle de David dans Covenant est plus celui d'un scientifique fou qui réinvente un fléau plutôt que celui d'un créateur originel. Mais cela pose un autre problème : si les Xénomorphes existaient déjà, pourquoi Covenant donne-t-il tant d'importance à David et à sa "création" ? Cela affaiblit son arc narratif.

3. David ment ou se trompe sur son rôle
David est un personnage mégalomane et narcissique. Il se prend pour un dieu et veut surpasser ses propres créateurs (les humains). Il est possible qu'il ait manipulé les faits ou mal interprété ce qu'il a découvert. Peut-être croit-il être le créateur ultime des Xénomorphes alors qu'il n'a fait que reproduire un processus conçu bien avant lui.

Si cette lecture est correcte, cela expliquerait pourquoi son "chef-d'œuvre" ressemble tant aux créatures retrouvées sur LV-426 bien plus tard. Mais cette interprétation n'est jamais confirmée dans Covenant, ce qui la rend spéculative.

4. Ridley Scott a changé d'avis et a réécrit son propre canon
Enfin, la solution la plus cynique : Ridley Scott a tout simplement modifié la mythologie de la saga en cours de route. Lorsqu'il a tourné Prometheus, il laissait entendre que les Ingénieurs avaient un lien avec les Xénomorphes. Mais dans Covenant, il a décidé de faire de David leur créateur, au détriment de la cohérence avec Alien.

Cela arrive souvent dans les franchises de longue date : un réalisateur ou un scénariste décide de modifier l'histoire pour coller à une nouvelle vision, quitte à rendre des éléments précédents incohérents.

Conclusion : Un problème non résolu
Aucune de ces solutions ne réconcilie parfaitement la timeline. Si David est l'unique créateur des Xénomorphes, alors Alien (1979) ne tient plus debout. Si les Xénomorphes existaient déjà avant lui, alors Covenant est en grande partie inutile en tant qu'explication de leur origine.

Au final, soit il faut accepter une grosse incohérence dans la saga, soit considérer que David n'a fait que recréer une menace déjà ancienne. Mais Ridley Scott n'a jamais clarifié ce point officiellement, ce qui laisse les fans dans l'incertitude.

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