Je ne suis pas sûr de bien comprendre la question.

Si je dis qu'une onde est "une évolution de tel substrat (fouet ou surface de l'eau ou champ électromagnétique)", alors l'évolution du substrat est déjà prise en compte. Les lois de la nature prescrivent une évolution pour le substrat et cette évolution, on l'appelle onde car il se trouve qu'elle a une tronche particulière et que c'est commode de nommer certains types de profils pour s'y retrouver.

Dans le cas du caillou dans la mare, l'onde, c'est bien les rides à la surface de l'eau, pas les cailloux. Il me semble qu'on est d'accord là-dessus mais je préfère m'en assurer.

Ensuite, si tu jettes de petits cailloux dans une mare (la petitesse permet de "linéariser les équations"), les ondes de chaque cailloux vont s'émettre indépendamment les unes des autres et leur seule interaction consistera à "se superposer". Toute une branche des maths est dédiée à l'étude de ces systèmes où les interactions se font par simple superposition : l'algèbre linéaire.

Donc le profil de la surface de la mare est ce qu'il est, il peut dépendre du clapotis de ceci-cela ou du saut des grenouilles. Quand tu jettes un petit caillou dans une mare, tu observes un truc. Si la mare est autre, tu observes un autre truc. Mais dans les deux cas, il y a bien un truc constant, la même onde associée au caillou : c'est quoi ? C'est que situation observée dans la vraie mare = situation dans la vraie mare + onde générée par le caillou dans une mare plate. Si j'écris cette équation A = B + C, alors B dépend de l'état réel de la mare et C est indépendant de tes conditions expérimentales. On a donc séparer dans A ce qui dépendait de la mare d'un côté et l'onde vraiment due au caillou de l'autre côté

Des phénomènes analogues doivent avoir lieu pour le champ électromagnétique mais je ne maîtrise pas bien ces choses-là.