Après être revenu dans le passé, Link poucave Ganondorf au roi puis part à la recherche de Navi > début de Majora Mask et instauration de Termina dans la timeline puisque l'histoire a été modifié.

Une fois Link qui retourne à Hyrule il y a deux timeline qui se créer :

Ganondorf gagne son procès :

Les évènements des 7 ans ont lieu et il est de nouveau scellé mais réussit à se libérer, Link ayant fermé la porte du temps et est retourné dans le passé le héros ne peut pas de nouveau le vaincre. Le peuple d'Hyrule en appelle aux Dieux qui décident d'immerger Hyrule sous les eaux : Début de Wind Waker > Phantom Hourglass et Spirit Track.

Ganondorf perd son procès et se fait charchuter puis envoyer dans le royaume des ombres :

Hyrule et ses différentes races coexistent toujours pendant des siècles jusqu'à ce que le crépuscule prenne le dessus sur le Royaume : Début de Twilight Princess.

Le roi d'Hyrule dans Wind Waker regrette à mort d'avoir cru Ganondorf tout au long de l'aventure il nous le fait comprendre le pauvre