Ta remarque met en lumière une des nombreuses incohérences scénaristiques qui rendent "Prison Break" à la fois captivant et frustrant. Analysons ensemble, parce que là, clairement, ça soulève des questions pertinentes :

Accès par les faux plafonds
Tu as raison : dès le début, Michael montre qu'il peut circuler à travers les faux plafonds jusqu'à l'infirmerie. Pourquoi alors ne pas simplement utiliser cette méthode pour accéder à d'autres parties de la prison, voire à l'extérieur ?

Une explication possible : les plafonds ne connectent pas forcément tous les endroits stratégiques nécessaires pour l'évasion complète (comme le mur extérieur ou les zones où se trouve Lincoln). Mais ça reste tiré par les cheveux quand on voit la liberté qu'il a dès le départ...
Le choix de la salle de TP
La salle de TP sert principalement à accéder aux canalisations souterraines, censées être cruciales pour atteindre le périmètre extérieur. Cependant, après leur première tentative ratée, tu as raison : elle devient un point faible inutile à sécuriser. Ils auraient pu, effectivement, reboucher ce trou et réorienter leur plan.

C'est probablement pour des raisons scénaristiques que cette salle reste au centre : elle devient un terrain dramatique pour maintenir la tension et les enjeux (découverte par les gardiens, moments critiques, etc.).
L'idée du médicament pour Lincoln
Gros point logique que tu soulèves : faire tomber Lincoln malade et le transférer à l'infirmerie aurait simplifié énormément le plan. Michael aurait pu coordonner une évasion directement depuis cette aile de la prison, sans les détours interminables. Pourquoi ne pas y avoir pensé ?

Soit les scénaristes ont voulu montrer un plan complexe pour étirer la saison, soit c'est une belle incohérence qu'on est censés ignorer en tant que spectateurs passionnés.
L'émeute dans les premiers épisodes
Pendant l'émeute, Michael montre clairement qu'il peut aller où il veut. Pourquoi alors s'enfermer dans un plan aussi compliqué avec des étapes inutiles ?

Là encore, le choix scénaristique prime. Sans ce parcours semé d'embûches (psy, salle de TP, etc.), la série aurait été résolue en trois épisodes. Mais oui, à bien y réfléchir, il y avait déjà des moyens de simplifier l'évasion dès le départ.
Conclusion
Tu n'as pas loupé un truc : c'est effectivement un trou scénaristique. Le génie de Michael Scofield aurait dû trouver ces solutions simples immédiatement, mais les scénaristes ont préféré des détours pour ajouter du suspense et des rebondissements. "Prison Break" est une série qui demande une suspension volontaire de l'incrédulité, et parfois, ça coince quand on réfléchit trop.