Pour commencer, Teddy Daniels n'a jamais tué sa femme, elle n'a jamais tué leurs enfants et il n'est jamais devenu fou. Au lieu de cela, comme il l'a expliqué, il a commencé à enquêter sur Shutter Island après que sa femme ait failli être tuée dans un incendie par un pyromane qui a finalement été envoyé à Shutter Island. Une fois qu'il a commencé à creuser, il a commencé à avoir des soupçons.

L'administration de Shutter Island et le gouvernement avec lequel elle travaillait ont découvert que Daniels les traquait. Ils ont donc inventé une histoire à propos d'un patient qui s'était échappé. Ils ont également déguisé l'un de leurs médecins, le docteur Shepard (joué par Mark Ruffalo), en son nouveau partenaire. Une fois que les deux se sont rencontrés, le docteur Shepard a progressivement drogué Daniels en lui donnant des cigarettes et des médicaments contre les maux de tête pour commencer à provoquer des délires.

Pendant la majeure partie du film, les médecins et le personnel de l'hôpital jouent le jeu de la ruse concernant un patient disparu. Tout le monde sait que ce n'est pas vrai, mais ils ont besoin de temps pour fournir progressivement à Daniels des médicaments afin de le convaincre qu'il est fou. Après qu'une tempête ait réellement causé des dégâts majeurs sur l'île, ils perdent la trace de Daniels, qui découvre la véritable nature de l'île en explorant seul le quartier C et les grottes.

Reconnaissant que Daniels est vraiment une menace, ils décident de le confronter au phare et d'essayer de le convaincre qu'il est fou. Confronté à cet argument, Daniels s'évanouit.

Puis, un laps de temps inconnu s'écoule. Pendant ce temps, les médecins harcèlent probablement à plusieurs reprises Daniels en le harcelant en lui reprochant d'être fou. Ils insistent sur le fait qu'il a tué sa femme après qu'elle ait tué leurs enfants. Ceci, combiné aux médicaments qu'on lui a administrés et qui le rendent délirant, finit par avoir un effet de vérité illusoire sur Daniels (qui est fondamentalement l'idée que plus on dit quelque chose à quelqu'un, plus la personne est susceptible d'y croire). Finalement, Daniels capitule et croit qu'il est en fait fou.

Finalement, Daniels accepte de se faire lobotomie. Le gouvernement obtient exactement ce qu'il voulait, Daniels éliminé en tant que menace et réduit au silence en tant que fou.