C'est impossible de vraiment juste considérer le scénario pur pour moi, car ça dépend aussi de s'il a été bien transmis, dans une ambiance qui me plaît, avec une bonne mise en scène et tout.
Par contre si tu inclus ça (donc on parle pas juste de l'histoire écrite, mais on parle bien de l'ensemble de la narration et la façon dont elle est transmise au joueur), alors je dirais que mes quatre préférés sont :
Metal Gear Solid 4 (mais faut bien voir joué aux 3 premiers avant, donc je les inclus presque avec en fait)
Bioshock Infinite (j'ai vraiment eu une grande immersion avec ce jeu)
Final Fantasy VIII (totalement mon genre de délire, et personnages mémorables pour moi)
Mass Effect 1-2-3 (une épopée assez incroyable)

Quelques mentions très honorables où j'ai adoré le scénario :
Final Fantasy 4, 6, 9, 10
les Ace Attorney
les Max Payne
les The Last of Us
les Uncharted (même si c'est un ton très léger, j'aime ce genre d'aventures)
Life is Strange
Nier et Nier Automata