Il s'est pas mis à l'écart pour travailler, d'ailleurs quasi personne ne savait qu'il continuait ses travaux puisqu'il avait dit a tout le monde qu'il ne voulait plus rien a voir a faire avec les mathématiques ou le monde académique/scientifique, les raisons il les expliquent lui même:

La première c'est sa désillusion vis-à-vis des institutions scientifiques, il est devenu de plus en plus critique envers le monde scientifique et ses institutions qu'il considérait comme étant corrompues par des intérêts matérialistes et économiques. Il dénonçait l'implication croissante des sciences, y compris des mathématiques, dans des domaines destructeurs, comme les applications militaires et technologiques, notamment la guerre nucléaire, d'ailleurs ça fait parti des raisons pour lesquelles il s'est fait viré de sa chaire car il a refusé d'aider la DGA dans un programme d'armement balistique en fournissant ses travaux

Deuxièmement (et c'est lié au premier point) il y a une raison lié a sa philosophie pacifiste et son engagement politique: Dans les années 70 Grothendieck s'est fortement engagé dans des mouvements pacifistes et écologistes, notamment en fondant le groupe "Survivre et vivre". Il s'opposait fermement à l'usage des sciences à des fins militaires et cet engagement l'a éloigné de la recherche pure en mathématiques qu'il percevait comme complice de cette dérive.

Troisièmement: son rejet de la reconnaissance et de la carrière académique, a partir de la fin des années 80 il a progressivement rompu ses liens avec le milieu académique et mathématique, refusant notamment la médaille Fields qu'il n'a pas acceptée en 66. Il ressentait une profonde frustration face à la compétition et aux honneurs académiques qu'il considérait comme une trahison de la quête désintéressée de vérité.

Et dernier point il y a aussi une raison spirituelle et volonté d'isolement: Grothendieck s'est de plus en plus tourné vers des questions spirituelles et métaphysiques. Il a mené une vie retirée, s'installant dans un petit village où il vivait en quasi-solitude. Il a consacré ses dernières années à écrire des réflexions notamment dans son manuscrit "La Clef des Songes" dans lequel il explorait ses idées mystiques et philosophiques.