Épistémologiquement parlant, c'est déjà une position honnête. Distinguer le "pourquoi" du "comment" - la cause finale de la cause matérielle - ne pas mélanger les deux, confondre ces deux ordres logiques (et [donc] substantiels : matière/esprit) - confusion typique d'un certain naturalisme athée, bien moins réfléchi que cette position positiviste.

Comment néanmoins y répondre ?
Romantiquement, avec Balzac : "Il y a un Dieu, ou tout cela serait par trop niais" ?
Ou logiquement ? En répondant avec positivisme que la nature n'aurait intérêt à avoir mis dans la tête de l'homme son infinie quête du POURQUOI ; pourquoi aurait-elle élaboré - pardon… comment ! - comment aurait-elle pu élaborer un être de sens, l'homme ? Comment aurait pu surgir du non-sens la cervelle chercheuse de sens de l'homme ? Quelle serait cette loi que l'impossible sorte du possible ? Ainsi, comment l'homme pourrait concevoir le pourquoi si celui-ci n'était naturellement/logiquement (la logique étant le langage naturel) existant ? Non, ce n'est pas du simple utilitarisme ; non, ce n'est pas une stratégie de l'espèce humaine pour assurer sa continuation et sa pérennité comme espèce. Car, sinon, quelle drôle de stratégie, que l'élaboration du Sens, puisque ce Sens, poussé dans sa recherche jusqu'à sa principialité sur-naturelle, méta-physique, pousse l'homme à se détacher de cette même nature, par l'ascèse, la continence, la chasteté, la prière, la charité - foncièrement anti-naturaliste, car allant jusqu'à la mort volontaire, jusqu'au martyre. Ce n'est que repousser le problème à plus de profondeur : comment la nature pourrait-elle élaborer un être qui ne cherche qu'à sortir d'elle, à la fuir - un être entièrement tourné vers la mort, qu'il considère comme la vraie Vie ? Mais non pas comme le suicidé schopenhauerien, qui cherche ailleurs ce qu'il n'a pas ici, selon les modalités de l'ici, mais selon de toute autre modalité : cette même vie, biologique ici, mais en abondance, principielle, métaphysique, là ?