Nayib Bukele naît le 24 juillet 1981 à San Salvador, au Salvador. Il est le fils d'Olga Ortez de Bukele et d'Armando Bukele Kattán, un homme d'affaires d'origine palestinienne, chrétien converti à l'islam et devenu imam, et figure influente dans la vie politique et de la communauté musulmane du pays1.

En 2014, il épouse Gabriela Rodríguez2. Le couple a une fille, Layla, née en août 20193.

Alors qu'il est le fils d'un musulman et d'une chrétienne, les opinions religieuses de Nayib Bukele sont l'objet de nombreuses spéculations lors de l'élection présidentielle de 2019, notamment lors de la diffusion par le journal salvadorien El Liberal de photos le montrant prier dans une mosquée de la ville de Mexico.