Né le 5 mars 1947 à Jacksonville en Floride, il est issu d'un milieu très pauvre et ses parents sont illettrés. À cinq ans, son père et son beau-père commencent à le violer. D'après ses déclarations, c'est sa sœur aînée qui "l'initie" au sexe, cette dernière ayant perdu sa virginité à l'âge de dix ans.

Sa grand-mère étant adepte de sorcellerie, Toole est régulièrement contraint de l'accompagner de nuit dans des cimetières pour déterrer des cadavres. Les os sont utilisés pour préparer des potions destinées à entrer en communication avec le Diable, tandis que les mains des cadavres sont broyées, puis mélangées à des herbes dans une mixture que l'enfant est contraint d'ingurgiter. Lorsque le cadavre déterré est encore frais, sa grand-mère lui coupe la tête et contraint Toole à la tenir plusieurs heures dans le vent "pour la faire sécher". Il arrive également que la peau des visages soit arrachée pour que l'enfant puisse la presser contre le sien, sa grand-mère étant persuadée que cet acte préserve de la vieillesse. Toole raconte également que cette dernière lui renversait des seaux d'urines sur la tête en lui disant "Tu appartiens au diable, jamais tu ne pourras le quitter." Pour le punir, son père le suspend à des crochets au milieu de chats cloués par la queue qui griffent régulièrement l'enfant jusqu'au sang. Un jour, il est contraint par son père de manger son chien, que ce dernier avait tué et préparé sous forme de hachis.

Son QI n'étant que de 75, sa scolarité est un échec, Toole ne parvenant pas à comprendre les cours. Il souffre également d'épilepsie.

À l'âge de 14 ans, sa sœur l'incite à travailler comme prostitué. Il se met à fréquenter des bars gay, se livre à l'automutilation et devient obsédé par les films pornographiques homosexuels. Il affirme très tôt son homosexualité, fortement aidé en cela par sa sœur qui passe son temps à le travestir en fille. En octobre 1964 à l'âge de 17 ans, il est arrêté pour vagabondage.