En parcourant les fichiers informatiques de l'ex-chirurgien, les enquêteurs se sont aperçus qu'il manquait plusieurs années de journaux. Une période allant de 1992 à 1996 avait été effacée. Au cours des interrogatoires, Joël Le Scouarnec a expliqué avoir procédé à cet effacement

Il a par exemple confié dans ses journaux avoir déposé ses sécrétions sur une petite cuillère utilisée par des infirmières ou avoir offert des gâteaux fabriqués à base de ses diverses déjections pour les filles de l'un de ses collègues.