L'histoire commence dans le royaume de Duloc, où le sinistre Lord Farquaad a banni toutes les créatures de contes de fées. Ces créatures trouvent refuge dans le marais de l'ogre Shrek, perturbant ainsi sa tranquillité. Furieux de cette intrusion, Shrek décide de se rendre au château de Farquaad pour exiger des explications.

En chemin, Shrek rencontre un âne bavard et facétieux, qui devient son compagnon de voyage. Arrivés au château de Farquaad, ils découvrent que le lord a des intentions cachées. Farquaad propose un marché à Shrek : s'il parvient à délivrer la princesse Fiona, qui est retenue captive dans un château gardé par un dragon redoutable, il pourra récupérer son marais.

Shrek et l'âne se lancent alors dans une quête périlleuse pour sauver la princesse. Ils doivent affronter de nombreux obstacles, y compris le dragon qui garde le château. Le film explore des thèmes tels que l'acceptation de soi, l'amour véritable et la critique des stéréotypes des contes de fées.