Enquêtes en cours
Soupçons de trucage d'un marché pour la ville de Puy-en-Velay
Le parquet national financier ouvre en février 2022 une enquête pour favoritisme contre la municipalité du Puy-en-Velay, qu'elle accuse d'avoir truqué un marché de concession d'une halle gourmande, dont la gestion et l'exploitation a été attribué en décembre 2021 pour 10 ans à un délégataire de service public, celui-ci encaissant les redevances des commerçants pour un chiffre d'affaires estimé à 8 millions d'euros. L'enregistrement d'écoutes téléphoniques montre les pressions subies par les services de la mairie de la part de l'ancien maire Laurent Wauquiez pour que ce marché ne soit pas attribué à un concurrent, Alexis Haon, qui s'est présenté aux municipales de 2020 sur la liste de gauche. Les propos de la responsable de la mairie indiquent que l'impôt payé par les commerçants sur leur chiffre d'affaires est de 20 % pour le projet retenu, contre 1 % pour Haon, le candidat indésirable254.

Affaire du « dîner des sommets » financé par la région AURA
Article détaillé : Affaire du « dîner des sommets ».
Mediapart révèle en 2022 que Laurent Wauquiez a organisé en juin de cette année un dîner ayant coûté plus de 100 000 euros pour 90 convives au chateau de la Chaize pour des personnalités tels que dirigeants d'entreprises, acteurs du monde culturel, sportifs, journalistes. Dans les mois qui suivent le Parquet national financier ouvre une enquête et le siège de la région est perquisitionné à plusieurs reprises255,256. Najat Vallaud-Belkacem, notamment, l'accuse de « détournement d'argent public ». Les écologistes saisissent la justice257.

Le 22 mai 2024, le Tribunal administratif de Lyon, saisit par le conseiller régional socialiste Johann Cesa, enjoint Laurent Wauquiez à communiquer la liste des invités au dîner des sommets258. Cette liste est révélée par la presse en juillet 2024 et comprend de nombreuses personnalités telles que des sportifs comme Sébastien Chabal, Olivier Ginon, Jo-Wilfried Tsonga et Alexis Pinturault, des chefs de la région comme Régis Marcon, Serge Vieira, Tabata Mey et Christophe Marguin, des personnalités des médias et du cinéma comme Thierry Frémaux, Nicolas de Tavernost, à l'époque PDG du groupe M6, et Pierre Fanneau, directeur général du groupe Le Progrès, ou encore des dirigeants d'entreprises comme Alain Mérieux259.

Affaire des emplois fictifs à Paris pour le compte de la région AURA
À la suite d'une investigation menée par Radio France, une enquête préliminaire est ouverte en 2023 par le Parquet national financier sur de présumés emplois fictifs localisés à l'association Régions de France (RDF). Les locaux sont perquisitionnés en novembre 2023, dans le cadres de plusieurs enquêtes sur sa gestion de la région, avec des soupçons de détournement de fonds publics et de favoritisme260.

Les soupçons portent sur quatre postes de travail. Une des personnes, Nawel G., est licenciée quelques mois après. Selon l'enquête des journalistes, les services administratifs du conseil régional ont alerté par écrit en avril 2023 le président Laurent Wauquiez sur ce poste qui « ne figurait dans aucun organigramme », « n'a ni utilité, ni contenu » et pourrait s'apparenter à « un emploi fictif »260.