Certaines caractéristiques institutionnelles des systèmes éducatifs nationaux sont en effet susceptibles d'influencer fortement les résultats obtenus par les élèves aux tests PISA.
L'échantillon des élèves Français de l'enquête PISA n'est donc pas représentatif d'un niveau scolaire particulier, à la différence d'autre pays qui pratiquent le passage automatique comme la Finlande, le Royaume-Uni ou la Suède.

Les écarts de performances observés entre pays ne sont sans doute pas totalement indépendants de ces caractéristiques institutionnelles. On peut en effet penser que les élèves français de 15 ans qui ont redoublé au cours de leur scolarité sont structurellement désavantagés par rapport aux élèves « à l'heure » parce qu'ils ont répété le même programme scolaire deux années de suite et n'ont pas suivi les enseignements de la classe de 2de. Ce handicap structurel vient s'ajouter aux effets de stigmatisation et de perte de confiance en soi que suscite la pratique du redoublement (MEN-DEPP, 2005). On constate d'ailleurs empiriquement que les pays qui pratiquent le passage automatique affichent globalement de meilleurs résultats que les pays qui ont recours au redoublement,